Η ομάδα ιδρύθηκε εντελώς ερασιτεχνικά το 1959 και πήρε την ονομασία της από την παλαιά ονομασία του χωριού Χορτιάτη. Το καταστατικό του Σωματείου με την επωνυμία ΑΘΛΗΤΙΚΟΣ ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΙΚΟΣ ΣΥΛΛΟΓΟΣ «ΚΙΣΣΟΣ» ΧΟΡΤΙΑΤΗ αναγνωρίστηκε με την αριθμ. 2660/1959 απόφαση του Πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης και καταχωρήθηκε στη στήλη του βιβλίου των αναγνωρισμένων Σωματείων με αύξοντα αριθμό 3613.
Το 1968 μία παρέα της νεοσύστατης ομάδος αποτελούμενη από τους: Λαδά Κωνσταντίνο, Μίλιο Δημήτριο, Αγγελινούδη Αθανάσιο, Ζαχαριάδη Βάιο, Παπαθανασίου Κωνσταντίνο, Ψαρά Θεόδωρο, Ψαρά Παναγιώτη, Ζέκα Παύλο σύνταξαν την πρώτη κατάσταση σύστασης Αθλητικού/Μορφωτικού Συλλόγου και την καταθέσαν στο αστυνομικό τμήμα του χωριού (εποχή Χούντας). Πρώτος πρόεδρος του συλλόγου ανέλαβε για δύο μήνες ο Λαδάς που τροποποιεί το καταστατικό με την αριθμ. 667/1969 απόφαση του Πρωτοδικείου Θεσσαλονίκης και εγγράφει το σύλλογο στην ΕΠΣΜ. Διαμορφώνεται το γήπεδο για να μπορέσει η ομάδα να συμμετάσχει στη Γ΄.
Ο πρώτος επίσημος αγώνα του ΚΙΣΣΟΥ έγινε στο Σοχό Θεσσαλονίκης με την ομάδα του Εθνικού κατά τον οποίο ο Αγγελινούδης Αθανάσιος πετυχαίνει το 1ο γκόλ της ομάδας. Αμέσως μετά αναλαμβάνει πρόεδρος ο Μίλιος Δημήτριος για τα επόμενα οκτώ χρόνια. Κατά το διάστημα αυτό ο σύλλογος οργανώνεται με ενθουσιασμό και μεράκι, διαμορφώνεται ο χώρος του γηπέδου στο κέντρο του χωριού, κτίζονται τα πρώτα αποδυτήρια, διοργανώνονται αθλητικές εκδηλώσεις και εκδρομές στο εσωτερικό και εξωτερικό της χώρας, ενσωματώνονται ξένοι εγχώριοι ποδοσφαιριστές, προσλαμβάνονται προπονητές (Μαγουλάς Γεώργιος, Καραγεωργίου Πέτρος, Παπαγγέλου Άγγελος) και η ομάδα από την Γ΄ κατηγορία ανεβαίνει στην Β΄.
Το 1977 -1980 αναλαμβάνει πρόεδρος του συλλόγου ο Λαγός Βαγγέλης ενώ ο Μίλιος παραμένει για πολλά χρόνια υποστηρικτής του συλλόγου σε όλους τους τομείς. Το 1985 δημιουργείται το πρώτο φυτώριο της ομάδας με προπονητή τον Μεταξά Θωμά.
Η χρονική περίοδος 1982-1983 αγωνιστικά θεωρείται εξαιρετικά πετυχημένη καθώς η ομάδα ανεβαίνει στην Α΄ κατηγορία με προπονητή τον Καλφόπουλο Χρήστο. Την επόμενη χρονιά η ομάδα πέφτει στην Β΄ κατηγορία, όπου κατέκτησε το πρωτάθλημα το 1990 για να ανεβεί και πάλι στην Α΄ το 1991 με πρόεδρο τον Μυλωνά Χαρίτο. Την χρονιά αυτή γίνονται συστηματικές προσπάθειες εγγράφως για την παραχώρηση από το Γενικό Επιτελείου Στρατού έκταση του στρατοπέδου «ΜΑΤΑΠΑ» με σκοπό τη δημιουργία νέου γηπέδου, αλλά η απάντηση έρχεται εγγράφως αρνητική. Το 1995 με πρόεδρο τον Τσαγκαλή Απόστολο και προπονητή τον Ακριτόπουλο η ομάδα βρίσκεται και πάλι στην Α΄ κατηγορία. Το 1996 με χορηγίες φίλων και προσωπική εργασία των μελών του Συμβουλίου κτίζεται ο δεύτερος όροφος του κτιρίου του γηπέδου για να στεγαστούν τα γραφεία. Από την χρονιά αυτή και για τα επόμενα χρόνια η ομάδα ανεβοκατεβαίνει μεταξύ Α΄ και Β΄ κατηγορίας με προσθήκες ξένων εγχώριων ποδοσφαιριστών και προπονητή διαδοχικά τον Λαμπάδα.
Το 1999 με πρόεδρο τον Ζέκκα Δημήτριο κατατίθεται στο Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης το τροποποιημένο καταστατικό του Συλλόγου εναρμονισμένο με το Ν. 2725 (Φ.Ε.Κ. 121/Α/17-6-1999). Την περίοδο αυτή και μέχρι το 2003 η ακαδημία πλέον του συλλόγου οργανώνεται με ομάδες παιδικού, προπαιδικού καθώς και Τζούνιορ, το 1998, με προπονητές τον Καρύδα Παναγιώτη και Τσακμακλή Κωνσταντίνο
Το 2002 αναλαμβάνει πρόεδρος ο Σαρίδης Νικόλαος και οργανώνεται η ομάδα με προσωπικά έξοδα του προέδρου. Προσλαμβάνεται προπονητής ο γνωστός της εποχής, από την θητεία του στη ομάδα Δόξα Δράμας Μιχαηλίδης Γέωργιος, ενώ προπονητής ακαδημίας αναλαμβάνει ο Καρατζόλης Δημήτριος και κατόπιν ο Ραμούδης Κωνσταντίνος. Αγοράζονται παίκτες και εντυπωσιακές στολές, οργανώνονται εκδηλώσεις και σε δύο χρόνια η ομάδα ανεβαίνει και πάλι πανηγυρικά στην Α’ κατηγορία.
Το 2005 αναλαμβάνει την προεδρία ο Γιαννακούδης Χαράλαμπος και κατόπιν ο Αγγελινούδης Χρήστος. Το διάστημα αυτό γίνονται φιλότιμες προσπάθειες από την διοίκηση να οργανωθούν καλύτερα τα τμήματα υποδομής, όπως και να βελτιωθεί το υπάρχον πεπαλαιωμένο γήπεδο.
Το Ιούνιο του 2009 αναλαμβάνει νέα διοίκηση με το ακόλουθο σχήμα: Πρόεδρος Παπαδούδης Ανέστης, Α Αντιπρόεδρος Γκουραμάνης Σωτήρης, Β Αντιπρόεδρος Σαρίδης Νικόλαος, Γ Γραμματέας Πολυνόπουλος Χαράλαμπος, Ταμίας Ζεγκίνης Αλέξανδρος, Γ Αρχηγός Αβραμίδης Παναγιώτης, Υπ. Δημοσίων Σχέσεων Τσίτσιος Προκόπης, Υπ. Επικοινωνίας ΕΠΣΜ και Τύπου Αδρεάδης Γεώριος, Υπ. Τμημάτων Υποδομής Παντελίδης Χαράλαμπος. Η νέα διοίκηση ξεκινάει με πολύ όρεξη, νέες ιδέες, υψηλούς στόχους με προσανατολισμό στην ριζική οργάνωση του Συλλόγου, ενίσχυση της πρώτης ομάδος με μεταγραφές πολλών παικτών και πρόσληψη ικανών προπονητών, δημιουργία νέων τμημάτων Ακαδημίας, αγορά τεχνολογικού εξοπλισμού και δημιουργία ιστοσελίδας, διοργάνωση αθλητικών εκδηλώσεων, προσέγγιση όλων των μελών προηγουμένων διοικήσεων και βασικά βελτίωση των αθλητικών εγκαταστάσεων με προτεραιότητα την ανακατασκευή του υπάρχοντος γηπέδου μέχρι της πλήρους μετεγκατάστασης σε νέο γήπεδο.
Διατελέσαντες Πρόεδροι
Λαδάς Κωνσταντίνος (1968)
Μίλιος Δημήτριος (1968-1977)
Λαγός Ευάγγελος (1977-1980)
Σαλιάρας Άγγελος
Κουρουσέκας Δημήτριος
Βουλγαράκης Απόστολος
Βασιλάκης Νικόλαος
Αγγελινούδης Νικόλαος (1985)
Γκατζούδης Αντώνιος (1988-1989)
Μυλωνάς Χάρης (1991)
Χατζηδημητρίου Χρήστος (1995)
Τσαγγαλής Απόστολος (1997)
Αγγελινούδης Βαίος (1998)
Ζέκκας Δημήτριος (1999)
Κυρίμης Γεώργιος (2001)
Τεής Παύλος (2001-2002)
Σαρίδης Νικόλαος (2002-2004
Γιαννακούδης Χαράλαμπος (2005-2007)
Αγγελινούδης Χρήστος (2007-2009)
Παπαδούδης Ανέστης (2009- )